Sejarah lahirnya Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) Universitas Nusa Cendana (Undana) dimulai pada tahun 2000, Pemerintah daerah merasa perlu menghadirkan tenaga Kesehatan masyarakat untuk menyelesaikan masalah Kesehatan masyarakat yang ada di Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT). Berdasarkan keinginan tersebut maka Pemerintah Daerah Provinsi NTT kemudian menjajaki kemungkinan berdirinya FKM Undana, yang kemudian langsung mendapat respon baik oleh Rektor Undana dengan menerbitkan SK Rektor No. 02 Tahun 2000 tentang pembentukan Tim Studi Kelayakan Pendirian FKM Undana, dilanjutkan dengan menrbitkan SK Rektor Undana No. 35 tahun 2001 tentang pembentukan panitia pelaksana persiapan pembukaan dan penyelenggaraan FKM Undana yang terdiri atas unsur Undana dan unsur Dinas Kesehatan Provinsi NTT.
Tanggal 14 Agustus 2001, Tim independent berdasarkan hasil visitasi Komisi Disiplin Ilmu Kesehatan Dewan Pendidikan Tinggi (KDIK-DPT) merekomendasikan bahwa FKM UNDANA layak dibuka. Melalui rekomendasi tersebut maka Dirjen Pendidikan Tinggi menerbitkan SK dengan Nomor 3111/D/T/2001 tanggal 26 September 2001 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Kesehatan Masyarakat Jenjang Program Sarjana (S1) pada Universitas Nusa Cendana, selanjutnya Menteri Pendidikan Nasional menerbitkan SK Mendiknas RI Nomor 194/O/2001 tanggal 26 Desember 2001 tentang Pendirian Fakultas Kesehatan Masyarakat pada Universitas Nusa Cendana.
Pada awal berdirinya tahun 2001, program studi kesehatan masyarakat dengan dengan 5 jurusan; yaitu jurusan Administrasi Kebijakan Kesehatan, Gizi Kesehatan Masyarakat, Epidemiologi dan Biostatistika, Kesehatan Lingkungan dan Kesehatan Kerja serta Pendidikan Kesehatan & Ilmu Perilaku. Penenerimaan mahasiswa perdana hanya berasal dari lulusan SMA untuk dididik menjadi Sarjana Kesehatan Masyarakat (S.KM) selama 4 tahun sebanyak 80 orang.
Tahun 2003 FKM Undana menerima mahasiswa jalur khusus yang merupakan kelas kerja sama atau dikenal dengan istilah kelas tugas belajar. Setelah menyelenggarakan Pendidikan maka pada Tahun 2006 FKM Undana hanya menyelenggarakan Pendidikan dengan satu program studi yakni Kesehatan Masyarakat. Sejak terbentuknya Prodi Ilmu Kesehatan Masyarakat sudah dilakukan tiga kali akreditasi yakni : tahun 2006, dengan predikat B (Baik), berdasarkab Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor 0823/Ak-IX-S1-026/UNCKEM/I/2006 tertanggal 12 Januari 2006. Akreditasi kedua pada tahun 2012 dengan predikat B (Baik) berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor 014/BAN.PT/Ak.XV/S1/VI/2012 tertanggal 15 Juni 2012. Serta Akreditasi ketiga tahun 2017 dengan predikat B (Baik) berdasarkan Surat Keputusan Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM-PTKes).
Pada tahun 2014, tepatnya tanggal 4 April 2014 FKM mendapat dari Rektor untuk menyelenggarakan Program Studi Psikologi berdasarkan Surat Penugasan oleh Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Direktorat Pendidikan Tinggi, Nomor 328/E-E2/DT/2014 Tentang Penugasan Penyelenggaraan Program Studi Psikologi di lingkungan Undana Kupang, dengan jumlah mahasiswa angkatan pertama sebanyak 42 orang yang. Sejak tahun 2014 sampai dengan sekarang FKM menyelenggarakan dua (2) program studi yakni Kesehatan Masyarakat dan Psikologi.
Kepemimpinan (Dekanat) di FKM telah berganti sebanyak 4 kali, dengan periode kepemimpinan dekan sebagai berikut: Dr. Ir. J. I. Manafe, MS (2001 – 2005), Ir. Gustaf Oematan, M.Si (2006 – 2014) Dra. Engelina Nabuasa, MS (2014 – 2018) Dr. Apris A. Adu, S.Pt., M.Kes (2018 – 2022)
